Xã Lý Quốc trước thời phong kiến Pháp thuộc có tên là xã Trảo Nhi thuộc Tổng Phong Đằng, Châu Thượng Lang. Sau đó sát nhập vào Châu Hạ Lang lúc đó có các xóm: Lũng phục, Lũng Rúm, Lũng nặm, lũng Cúng, Lũng Búa, Lũng Mán, Bang Trên, Bang Dưới. Sau cách mạng tháng 8 thành công năm 1945 khai sinh ra nước Việt nam dân chủ cộng hoà. Đến tháng 11 năm 1946 uỷ ban hành chính xã Lý Quốc ra đời lấy tên bí danh của Liệt sĩ: Nông Văn Điềm, xóm Bang Trên cũ ( nay là xóm Hợp Nhất). Ông  là một người chiến sĩ vệ quốc đoàn hoạt động cách mạng đã hy sinh tại đỉnh đèo Khâu Ruông xã Việt Chu, huyện Hạ Lang trong cuộc chống thổ phỉ.

Ngày 15 tháng 9 năm 1969 Hội đồng Chính phủ ra Quyết định số 176//CP Điều chỉnh một số đơn vị hành chính của tỉnh Cao Bằng xã Lý Quốc đã sát nhập vào Huyện Trùng Khánh. Đến ngày 1 tháng 9 năm 1981 Tái thành lập huyện Hạ Lang xã Lý Quốc lại sát nhập vào huyện Hạ Lang cho đến bây giờ. Thực hiện theo chủ chương của Đảng và Nhà nước sát nhập một số đơn vị hành chính cấp huyện, xã, xóm trên địa bàn tỉnh Cao bằng. Năm 2019 xã Lý Quốc sát nhập các xóm: Lý Vạn+ Lũng Pấu+Khỉ Cháo thành xóm Lý Vạn; sát nhập các xóm: Lũng Phiô + Bang Trên thành xóm Hợp Nhất; sát nhập xóm: Lập Nghiệp+ Bản Khòng thành xóm Bản Khòng; sát nhập các xóm: Đông Thoang+ Khưa Thoang thành xóm Khưa Thoang; sát nhập xóm Nặm Tốc+ Bản Sao thành xóm Bản Sao. Sau sát nhập hiện nay xã Lý Quốc còn 7 xóm cộng đồng dân cư.

Trụ sở Uỷ ban hành chính xã Lý Quốc được đặt tại xóm Bằng Ca lúc đầu ở kho Lương thực sau một thời gian do diện tích đều kiện không đáp ứng nên đã di chuyển đến vị trí mới hiện tại bây giờ.

Sự ra đời hình thành và phát triển của xã Lý Quốc gắn liền với quá trình đấu tranh chống giặc ngoại xâm và chống đế quốc Pháp đô hộ để giành lại độc lập cho dân tộc, bảo vệ vững chắc quê hương đất nước chủ quyền lãnh thổ an ninh biên giới quốc gia.Trong 2 cuộc đấu tranh chống thực dân Pháp và chống giặc Mỹ xâm lược nhân dân các dân tộc xã nhà luôn hưởng ứng lời kêu gọi của Chủ tịch Hồ Chí Minh “ Toàn quốc kháng chiến” năm 1946; và các câu khẩu hiệu: “Tất cả vì Miền Nam ruột thịt”; “Tất cả cho tiền tuyến”; “Thóc không thiếu 1 cân, quân không thiếu 1 người”… Bao nhiêu người con thanh niên ưu tú của xã nhà đã hăng hái tham gia lên đường nhập ngũ chiến đấu dũng cảm quên mình để giải phóng dân tộc, giành độc lập và thống nhất đất nước. toàn xã đã có: 227 bộ đội, trong đó: chống Pháp 56 người;  Chống Mỹ: 171 người. Các anh hùng Liệt sĩ đã chiến đấu anh dũng hy sinh trên các chiến trường Nam Bắc có: 57 Liệt sĩ;Thương binh 11 người;  bênh binh 13 người  và 02 bà mẹ Việt nam anh hùng; có 12 người thanh niên xung phong lên đường tải gạo, mở đường, gỡ bom mìn…phục vụ đất nước.

Từ năm 1986 đến nay thực hiện đường lối đổi mới “ Xoá bỏ quan liêu bao cấp, phát triển kinh tế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa” nhân dân xã nhà đã hăng hái thi đua lao động sản xuất, đổi mới cơ cấu cây trồng, vật nuôi có năng suất, hiệu quả kinh tế cao, từng bước cải thiện đời sống của nhân dân tỷ lệ hộ nghèo, đói thiếu ăn hàng năm đã giảm dần. văn hoá –xã hội được cải thiện, an ninh quốc phòng được ổn định…. Xã có 01 chợ phiên; 01 cửa khẩu song phương; có 02 trục đường 206 và 207 đi qua đến trung tâm xã.